一、區域間發展不均衡日益凸顯
由于生物醫藥產業自身有高投入、高風險、高回報以及研發周期長的特點，致使產業發展必須依托三大集聚的實現：向園區集聚、向經濟發達地區集聚、向專業智力密集區集聚。
通過分析各國生物醫藥產業空間分布可以看出，生物醫藥產業的核心區域大多數都在本國科研機構密集、經濟高度發達的地區聚集。從我國的科研資源和現有的生物醫藥產業分布現狀來看，“十三五”期間，中國生物醫藥產業仍將進一步集聚于東部沿海地區科研院所和創新能力較強的北京、上海等省份，以及少數中西部的中心城市，區域發展不平衡有進一步強化的趨勢。
二、地域性分工更加明確
（一）研發要素進一步集聚于北京和上海
北京市擁有眾多高質量的科技研發中心以及豐富的生物醫藥人才資源，現已承載全國生物醫藥的技術研發、信息和技術服務等工作。但目前，在生物醫藥的市場化、產業化、投融資環境等方面都和上海存在較大的差距。此外，北京市生物醫藥研發成果呈現出明顯外溢態勢。
上海市的生物醫藥產業基礎以及技術水平位居全國前幾名，跨國生物醫藥企業與國際金融機構繁多，也是生物醫藥跨國公司在中國的研究開發、營銷、制造和投資的匯集中心，未來較長時期內仍將是引領中國生物醫藥產業發展的中心。
（二）江蘇和山東將加速實現生物醫藥制造環節的集聚
目前，中國生物醫藥企業以中小企業為主，普遍存在產業配套能力較弱，產業鏈條未形成，支撐技術、生產裝備較落后，基礎設施差等一系列問題。江蘇和山東以其雄厚的制藥基礎和大型龍頭企業積聚的優勢，在“十三五”期間，將成為中國生物醫藥制造的重要基地。
江蘇省生物醫藥骨干企業實力較強，已有17家企業進入全國制藥工業百強行列，將形成以泰州“中國醫藥城”為中心，南京、蘇州、連云港等地差異化發展、特色鮮明的產業發展格局。
山東省依托魯南制藥、齊魯制藥、新華制藥、東阿阿膠、福瑞達等一批全國知名的醫藥大型企業，以基因工程藥物、發酵工程藥物、生化藥物、新型診斷試劑和海洋藥物五大領域為重點，打造產業鏈完善的生物醫藥制造、流通鏈條。2013年，山東省生物醫藥產值已經達到2600億，未來較長時期內仍將是中國生物醫藥制造的集聚區基地。
（三）產業發展熱點地區將持續涌現
1、深圳和武漢將成為新的增長極
目前，深圳市生物醫藥研發水平雖然與上海、北京兩大研發中心相比差距較大，尤其是高端人才方面比較缺乏。但是，隨著中國國家基因庫在深圳的建立、深圳市委市政府的大力推動，以及與云計算、物聯網等新一代信息技術的融合，深圳市生命科學研究及生物信息安全領域研發水平快速提高，將成為中國在基因技術、生命信息學專項領域的研發中心。到“十三五”末，深圳市有望成為世界領先的基因治療藥物研發與產業化基地、亞洲最大的疫苗生產中心、中國領先的創新藥物研發與產業化和藥品制劑出口基地。
日前，武漢市生物醫藥產業仍然處于孕育發展期。但是，湖北省、武漢市高度重視，正全力加速發展生物醫藥產業。武漢國家生物產業基地計劃打造集生物產業研發、孵化、生產、物流、行政、文化、居住為一體的生物產業新城，重點引進世界500強及國內行業前5強、歐美醫藥研發外包知名企業、國際生物產業轉移重大項目等。目前已簽訂項目入駐協議76個，投資總額102億元人民幣，有38個項目已經開工建設，包括輝瑞中國研發中心、深圳華大基因、藥明康德、國藥控股、長生生物、遠大制藥等大型生物醫藥企業相繼入駐。預計到2020年，武漢將集聚生物企業700家，將形成與光電子齊名的又一千億級產業，成為以生物醫藥外包、生物制藥為主的新興產業核心區。
2、太原、廈門和蘭州等城市將成為新興熱點城市
山西天然資源豐富，氣候涼爽干燥，是我國原料藥特別是生物產品發酵的最佳地域之一。隨著生物醫藥物流配送體系的建立，將形成以太原為核心，包括大同、晉中、運城、長治、侯馬等在內的生物醫藥產業集群。
福建省將在“十三五”期間加強重點生物醫藥產業基地和園區的建設，通過筑巢引鳳，壯大生物醫藥產業。計劃以廈門海滄生物醫藥集中區為核心，進一步發揮福州生物醫藥專業孵化器功能，充分利用三明、永春的生態環境和資源優勢，以基因工程藥物為重點，加快建設生物醫藥產業基地。
甘肅省利用豐富的中醫藥和民族醫藥資源，通過骨干企業的帶動，發展以地域醫藥資源和民族特色的生物醫藥。甘肅擁有蘭州生物制品研究所、佛慈藥業、奇正藏藥、獨一味制藥、甘肅扶正藥業、新蘭藥集團等一批骨干企業，在人用疫苗、口蹄疫疫苗、牦牛血清制品、重離子束生物技術、現代中藏藥等方面技術居全國領先地位，部分已達到國際先進水平，具備一定的產業帶動能力。
此外，云南昆明、陜西西安等區域中心城市也將成為生物醫藥的新興熱點城市。
